Скорее всего, потому-что в запуске быстрее отрабатывает и элементы не успевают появиться какие-то. Надо добавить пауз или ожидания элемента перед теми кнопками, которые не нажимаются.
@Fox я просто не помню что это где то указывалось.
и много таких ограничений еще можно найти?(вопрос скорее риторический)
Ваш вопрос максимально абстрактный, как на него можно ответить? BAS обрабатывает все ресурсы, но если их много, то загружает их частями, что бы не зависнуть. Где здесь ограничение?