Нашел способ. В корень engine.zip архива помещаем проект xml и запускаем FastExecuteScript.exe
Работает.
Теперь вопрос, как выполнить скрытый запуск скрипта по аналогии запуска через RemoteExecuteScriptSilent.exe?
Решил проблему самостоятельно.
В проекте была функция (просто была, ни где не запускалась) с получением даты
Удалил эту функция - все работает прекрасно.