Спасибо вам, ребята, за обсуждение этой темы. Да, я помню, что уже сталкивался с этой ошибкой давным-давно, но думал, что она была исправлена в то время.
Как отметил @sergerdn, 7zip гораздо эффективнее для нашей цели сжатия папок профиля, чем zip.
Я пытался использовать 7z.exe из Windows-установки 7zip, в целом он работает, но при многопоточности есть некоторые проблемы с застреванием и оставлением большого количества .tmp-файлов. Сейчас пробую 7za или, возможно, новый 7zr с сайта разработчиков, если они будут работать лучше.
Также заметил, что есть куча node-модулей для 7zip, но не уверен, какой из них взять.