Так как сам BAS не поддерживает (или уже поддерживает?) открытие/запуск файлов через командную строку - я нашел решение, которое исправляет эту ситуацию. Возможно кому-то еще оно пригодится.
Конечно, можно скомпилировать каждый проект и запускать его через Run.exe, но когда проектов много - не хочется, чтобы каждый весил по 100-200Мб и не хочется тратить время на его сборку.
Решение состоит из 3-х bat-файлов: одного основного и двух вспомогательных.
Основной батник принимает в качестве аргумента имя проекта BAS и запускает его, так же, как запускаются обычно скомпилированные проекты.

Вспомогательные скрипты добавляют/удаляют: ассоциацию первого скрипта с файлами нужного расширения, значок файла и пункт "Run Silent" в контекстном меню, который запускает проект свернутым в трей.

Т.к. по-умолчанию файлы проекта имеют расширение .XML, а это очень распространенный формат и чаще всего в Вашей системе он уже открывается каким-нибудь редактором, я выбрал расширение для запуска .XMLB (Вы можете изменить на любое другое). Значок для файлов .XMLB ставится такой же, как у BrowserAutomationStudio.exe (его тоже можно поменять на Ваше усмотрение).
Установка. Чтобы всё заработало надо скопировать 3 bat-файла в папку рядом с BrowserAutomationStudio.exe и запустить LauncherInstall.bat для настройки ассоциаций, после этого сменить расширение проектов, которые вы хотите запускать с XML на XMLB (они по прежнему смогут открываться через BAS для редактирования).
Всё готово, теперь XMLB-файлы открываются точно так же, как скомпилированные проекты, когда достаточно заполнить ресурсы и нажать "ОК", а выбирая правой кнопкой в контекстном меню файла пункт "Run Silent" - запускаются свернутыми в трей.
Если хотите, чтобы, наоборот - по двойному клику проект запускался свернутым в трее, а через контекстное меню открывалась настройка ресурсов, то поменяйте значение переменных OpenCommand и SecondCommand в файле LauncherInstall.bat и перезапустите его.
Принцип работы можете увидеть в самих скриптах - код прокомментирован.
Скачать BASLauncher.zip