Я же даже начал писать тикет на счёт бага

но пока расписывал алгоритм действий до меня дошло, что это не баг :D
При старте работы скрипта BAS читает файлы ресурсов и помещает их в виртуальный ресурс. Далее уже с ним идёт работа в скрипте с последующей синхронизацией с файлом. Важно понимать, что ресурс и файл ресурса не одно и тоже.
Если посмотреть код опции "Удалить из файла/базы мгновенно" в действии "Удалить Текущий Элемент"

if(true)
RSync("resource1")
то увидим метод RSync() который синхронизирует виртуальный ресурс с файлом ресурса, а условия использования ресурса у вас стоят:

1 успешное использование означает что все ресурсы будут удалятся после использования и в виртуальном ресурсе на момент синхронизации уже не будет этой строки.
Для наглядности вышесказанного просто увеличьте "успешное использование" до 2

и скрипт отработает так, как вы ожидали:
Тестовый скрипт
тестовый файл