У меня в последней версии (21.0.2) "серьёзный" bat-файл то же виснет. Если снять галку "Ждать завершения" батник выполняется криво. Не стал разбираться почему, так как в старых версиях прекрасно работает. Сейчас, если нужно запустить батник и не получается, запускаю старую версию (20.5.1), там создаю "Запустить процесс" и копирую его в новую версию.