Всё правильно. В режиме "записи" все функции работают в один поток, а в режиме "запуска" функция "OnApplicationStart" выполняется отдельным потоком перед запуском всего скрипта (именно по этому в веб интерфейсе при использовании функции "OnApplicationStart" в статистике скрипта добавляется одно успешное выполнение потока). По успешному завершению потока берётся следующий ресурс.
Спасибо что объяснили! Оказывается это просто я дурак, не понял работу функции OnApplicationStart.
@KoliaPotexin В тестовом скрипте скорей всего не хватает cookies или неверный subprotocol, а еще подключиться мало, надо еще обменяться служебной информацией через сообщения как это делает настоящий сайт.