Не удобнее будет создать папку, а в папке файлы с куками названные их логинами. Тем самым каждый поток берет свой логин и потом по логину читает нужные куки.
@yumilen, как они могут расти в размере, если перезаписываюся? Либо они дописываются, либо в переменной, которая в файл сохраняется, какие-то данные накапливаются.