При запуске исполняемого файла после компиляции, скомпилированный скрипт скачивает с серверов BAS зашифрованный/упакованный скрипт. После скачивания его - запускает из памяти.
Вероятно, скрипт скачивается при каких-то обстоятельствах крайне медленно.
@Ranout Если количество неудачных выполнений в настройках ресурса равно нулю, то БАС завершит скрипт с сообщением "все потоки завершены". Если нужно перезапустить поток, то количество неудачных выполнений нужно сделать больше нуля и использовать действие Fail.