@Fox во как совет мудрых людей помогает :) Проблема была в пути к файлу. Я немного не то выбирал из "информации о файле" :0 Но проверил это только после Вашего ответа, так что безусловно спасибо :)
@artsamdev Я стал вначале ссылки циклом собирать, без перехода по ним. Следующим циклом уже их перебираю через window.open() и window.close(). И все заработало.