Как мерджить разные версии одного проекта?

[centerdevs]

Разрабатываю один проект, есть разные версии этого проекта, в каждой есть свои доработки, кто-то практиковал такое?) как можно адекватно его замерджить сейчас и продолжать это делать в будущем? В исходном коде проекта ключевая инфа закодена в base64, тут чисто на глаз мержить всё что мержится или как)