Можно скомпилированный скрипт накрыть протектором, который использует виртуальную зашифрованную файловую систему.
Запущенный скрипт будет "думать", что он сохраняет все на диск и читает оттуда, но по факту снаружи ничего не будет видно.
Пожалуйста, не спрашивайте меня ни здесь ни в личке подробностей, Google у нас одинаковый.
