@Fox92 Вам нужен только один файл прокси для всех потоков, если вы используете его для всех потоков.
Или если у каждого потока разные прокси, вам придется создать отдельные файлы для каждого потока.
В большинстве случаев придется декомпилировать приложения, если они не совсем простые, и разбираться с кодом. Для отладки могу посоветовать такой софт как JEB, он позволяет дебажить приложухи и отлавливать значения переменных.