Без удаление строк в самом файле, потому то потом будут еще раз использоваться.
Обратил внимание, что вариантов генерации вроде и много, а берет он часто одни и те же.
Какой смысл вы вкладываете в слово "пофиксить"? Вы ведь сами создаёте логику работы скрипта, сами можете поместить между чтением и записью данных асинхронные действия ("Загрузить", "Спать" и т.д.) что и приведёт к проблеме