Не удобнее будет создать папку, а в папке файлы с куками названные их логинами. Тем самым каждый поток берет свой логин и потом по логину читает нужные куки.
@Dasium в первом предложении имел в виду сохранить содержимое файла в список перед началом цикла, а потом его использовать N-ное количество раз. Но для большого количества файлов немного немного неудобный способ, так как придется создавать столько же списков. Почему-то сразу об этом не подумал...