По моим наблюдениям, там вообще рабочее окно - это 3 разных экземпляра CEF, поэтому и не работает. Странно, почему бы тут просто не использовать WebView из Qt, но разработчику виднее...
Но можно сделать аналог AdBlock своими руками. Через "Запретить запрос" можно запрещать неугодные ссылки, либо удалять уже существующие элементы через "Выполнить Javascript На Элементе" с кодом self.remove()