Скорее всего, потому-что в запуске быстрее отрабатывает и элементы не успевают появиться какие-то. Надо добавить пауз или ожидания элемента перед теми кнопками, которые не нажимаются.
По моим наблюдениям, там вообще рабочее окно - это 3 разных экземпляра CEF, поэтому и не работает. Странно, почему бы тут просто не использовать WebView из Qt, но разработчику виднее...