Скорее всего, потому-что в запуске быстрее отрабатывает и элементы не успевают появиться какие-то. Надо добавить пауз или ожидания элемента перед теми кнопками, которые не нажимаются.
@UserTrue это из-за flash, отключен был, что из этих папаметров применяется автоматом после применения отпечатка? webrtc, canvas, webgl, webglvendor, webglrender, audio/
наверное только webrtc не применяется из отпечатка? как и flash