Если я правильно понял, то если я в скрипте использую FTP и передаю например файл на сервер, то любой человек у которого будет скрипт, может отснифать его и увидеть данные от сервера
Ввод с клавиатуры с задержкой, похожей на человеческую
Для этого нужно перенести фокус на инпут (кликнуть). Через яваскрипт изменить поле можно, но не будет эмуляции ни какой. Максимум что можно, это активировать фокус через яваскрипт, но это будет подозрительно. Я бы рекомендовал просто увеличить скорость мыши раз в 1000 и всё.