Добавляй в список каждую строку файла в цикле без повторно использования. Ставишь игнор ошибок и не прекращать работу(для ресурса). Все строки добавятся в список.
А нельзя было в цикле парсить? В конце каждой итерации собирать из составляющих строку с нужными разделителями и добавлять в список, а после цикла сохранить список в файл.
