var links = document.links, i, length;
for (i = 0, length = links.length; i < length; i++) {
links[i].target == '_blank' && links[i].removeAttribute('target');
}
Настоящий клик и клик через js - разные вещи. Эмулируйте полноценный клик.
Даже в обычном браузере: сделайте ссылку с target=_blank и попробуйте эмулировать клик на js. Скорее всего браузер не откроет вкладку, а спросит подтверждение.