Решил проблему прописав полный путь к скрипту в верхнем окне.
Непонятно одно, это действительно так было задумано, чтобы не возможно было прописать путь рабочей папки с переменными?
Что мешает снова распаковать архив и запустить скрипт? А после того, как уже знаешь, что он удаляется. устранить причину удаления, или как минимум хранить копию?
Это при условии необходимости пользы от работы скрипта. Может быть скрипт создаётся в пагубных для пользователя целях?