У меня такой же визуальный баг стал проявляться, проверял через текстовый редактор экспортированную базу и там все строки на месте. Похоже это из-за очень большого текста в полях. Эксель так же видит таблицу с пропущенными строками
UPD2: скорость скрипта пофиксилась сама по себе. перенес код в новый файл, может это помогло, а может тогда, когда скорость проседала, комп нагружало еще что-то, хз. удачи читающим.