Само собой будет подвисать, даже просто чтение такого объема строк через обычный блокнот приведет к его зависанию. А тут еще и перемешивание с обновлением. Варианты решения: разбить это объем на небольшие партии и в дальнейшем уже работать с ними.
То же самое на сто тысячах виснет, но не на 2 минуты а наглухо. Кто то победил проблему? Или этот баг функции "брать строки и удалять" и надо все проекты переписывать без нее.
Это висит матерь (плата), скорее всего. Есть софт, очищающий, автоматически.