Не удобнее будет создать папку, а в папке файлы с куками названные их логинами. Тем самым каждый поток берет свой логин и потом по логину читает нужные куки.
По моим наблюдениям, там вообще рабочее окно - это 3 разных экземпляра CEF, поэтому и не работает. Странно, почему бы тут просто не использовать WebView из Qt, но разработчику виднее...