Скорее всего, потому-что в запуске быстрее отрабатывает и элементы не успевают появиться какие-то. Надо добавить пауз или ожидания элемента перед теми кнопками, которые не нажимаются.
@smurfik Проверил, работает и в режиме записи и в режиме запуска и в скомпилированном варианте и если брать агенты из файла с 5000 строк. Скорее всего вы где-то ошиблись.
