Нашел способ. В корень engine.zip архива помещаем проект xml и запускаем FastExecuteScript.exe
Работает.
Теперь вопрос, как выполнить скрытый запуск скрипта по аналогии запуска через RemoteExecuteScriptSilent.exe?
@денис Есть же экшен во вкладке браузер "Выполнить яваскрипт". Так же можно на странице браузера выбрать выполнить яваскрипт на элементе, селектор можно отключить.