Люблю когда на рабочем месте порядок. %appdata% создана для хранения настроек. Но это мое личное мнение, я не навязываю. Главный вопрос, Чем грозит в будущем если изменить путь на C:\Program Files ?
Ни чем. У меня BAS установлен в директории C:\BAS\BrowserAutomationStudio
