При старте работы скрипта BAS читает файлы ресурсов и помещает их в виртуальный ресурс. Далее уже с ним идёт работа в скрипте с последующей синхронизацией с файлом. Важно понимать, что ресурс и файл ресурса не одно и тоже.
Как тогда реализовать логику, чтобы работало как я задумывал изначально?
А откуда я знаю, как вы задумывали изначально? :D Если вы хотите, что бы скрипт не удалял вновь записанные данные, то добавляйте данные в ресурс через действие "Добавить Элемент" из модуля "ресурсы"